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Saison 1943-1944 : Championnat Honneur de Bourgogne/Franche Comté
Un nouveau championnat voit le jour, celui de Bourgogne-Franche-Comté avec 12 clubs. Le FC GUEUGNON termine à une honorable 3ème place, derrière le RC BESANCON et le FC SOCHAUX.
Les gueugnonnais sont irrésistibles à Jean-Laville. Seul le leader final parviendra à prendre un point sur la pelouse locale.
En janvier 1944, le club voit arriver Lucien PERPERE, qui devient le premier entraîneur officiel du club, l’entrainement étant jusqu’alors pris en charge par les joueurs les plus expérimentés et disponibles.
Cet ex. avant-centre et champion de France avec le Stade de Reims comprend très vite qu’il dispose d’un potentiel de jeunes joueurs de qualité, auxquels il va enseigner la mise en application de la tactique du « verrou suisse » qui va désorienter nombres d’adversaires.
Effectif
Debout : Maurice BRICK – Jean MARMUL – Louis DIONDET – André CHURLET – Stanislas OGIBA – Gaston AULION
Accroupis : René CHURLET – Roger BOROT – PABLOS – Louis VAN DEN – Stéphane OGIBA
Résultats de la saison – Championnat Honneur de Bourgogne/ Franche-Comté
| Date Aller | Score | Clubs rencontrés | Score | Date Retour |
| 19/09/43 | 1-6 | DELLE | 2-1 | 01/01/44 |
| 03/10/43 | 0.2 | BELFORT | 3-2 | |
| 10/10/43 | 1-2 | SENS | 3-0 | 19/03/44 |
| 31/10/43 | 2-0 | STADE AUXERRE | 6-2 | 20/02/44 |
| 14/11/43 | 6-3 | DIJON | 1-0 | 27/02/44 |
| 21/11/43 | 3-3 | P.S. BESANÇON | 6-2 | 05/03/44 |
| 12/11/43 | 6-0 | CHALON | 4-1 | 12/03/44 |
| 26/12/43 | 0-4 | SOCHAUX | 4-0 | 02/04/44 |
| 24/10/43 | R.C.F.C. BESANÇON | 2-2 | 06/02/44 |
Parcours en Coupe de France
| Date | Lieu | Tour | Matchs | Score |
| Gueugnon | 3ème | FCG – Vauzelles | 10-1 | |
| 17/10/1943 | Moulins | 4ème | Moulins – FCG | 1-3 |
| 11/11/1943 | Gueugnon | 5ème | FCG – Chalon | 6-0 |
| 05/12/1943 | La Machine | 6ème |
La Machine – FCG | 0-7 |
| 19/12/1943 | Dijon | 1/32 | Sochaux – FCG | 3-1 (AP) |
